标题：CUDA兼容图形卡作为BLAST序列比对的有效硬件加速器研究
作者：胡娅 黄理灿 姚晖
作者单位：浙江理工大学信息电子学院，浙江 杭州 310018
关键字：BLAST，序列比对，CUDA，GPU
摘要：提出了在硬件产品上运行BLAST算法的方案，认为可以使BLAST达到目前为止最快的速度。它是在由NVIDIA发布的CUDA编程环境上执行的。做了详尽的模拟试验，在一个3GHz英特尔奔腾IV处理器上运行，比较了BLAST和SSEARCH的执行。方案与最新公布的GPU执行情况和一个SIMD解决方案进行了比较，测试表明，实现了在硬件产品上获得更大速度的目的，也降低了大规模比对的执行成本。